dados-vacinas

Repositório para manter dados sumarizados do SI-PNI Covid-19

Descrição dos arquivos

Na pasta doses_estados, os arquivos são separados por estado, e cada um tem os seguintes campos:

campo	descrição	tipo
vacina	fabricante da vacina	char: um de "AZ" "Coronavac" "Janssen" "Pfizer"
agegroup	faixa etária, representando a faixa etária para uma das duas possíveis divisões (ag_10 ou ag_child)	int de 1 a 11
data	data de vacinação	Date, formato YYYY-MM-DD
doses	qual dose do esquema vacinal - primeira, segunda, primeira dose com Janssen, reforço, e adicional	char: um de "D1" "D2" "D" "R" "DA"
ag_10	número de vacinas aplicadas para divisão etária de 10 em 10 anos	int
ag_child	número de vacinas aplicadas para divisão etária considerando faixas especiais para crianças	int

Observação: o antigo código "DU" (Dose Única) para a vacina Janssen foi atualizado para "D", representando somente "D", quando a Janssen é a primeira vacina a ser aplicada.

Os códigos das faixas etárias se traduzem:

código	ag_10	ag_child
1	0-9 anos	0-4 anos
2	10-19 anos	5-11 anos
3	20-29 anos	12-17 anos
4	30-39 anos	18-29 anos
5	40-49 anos	30-39 anos
6	50-59 anos	40-49 anos
7	60-69 anos	50-59 anos
8	70-79 anos	60-69 anos
9	80-89 anos	70-79 anos
10	90+ anos	80-89 anos
11		90+ anos

Arquivos de saída

Na pasta principal (main), existem cinco arquivos de saída.

• doses_cobertura_proporcao_mes.csv
• doses_cobertura_proporcao_semana.csv
• doses_cobertura_proporcao_mes_ordem.csv
• doses_cobertura_proporcao_semana_ordem.csv
• doses_ordem_uf.csv

Enquanto os arquivos 'doses_cobertura_proporcao_mes.csv' e 'doses_cobertura_proporcao_semana.csv' se baseiam na classificação de doses de acordo com os dados informados pelo SI-PNI, os arquivos 'doses_cobertura_proporcao_mes_ordem.csv' e 'doses_cobertura_proporcao_semana_ordem.csv' classificam as doses de acordo com a ordem de aplicação em um mesmo registro de um indivíduo.

doses_cobertura_proporcao_mes.csv

campo	descrição	tipo
month	primeiro dia do mês após a data de aplicação da dose	Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup	faixa etária (considerando a divisão ag_child)	int de 1 a 11
dose	população com determinada classificação de dose (ler mais abaixo)	factor, levels: D, D1, D2, D2f, R, D1cum, D2cum, Dcum, Rcum
n	tamanho da população com certa classificação de dose	int
UF	sigla da Unidade Federativa	factor

doses_cobertura_proporcao_semana.csv

campo	descrição	tipo
week	último dia da semana epidemiológica da data de aplicação da dose	Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup	faixa etária (considerando a divisão ag_child)	int de 1 a 11
dose	população com determinada classificação de dose (ler mais abaixo)	factor, levels: D, D1, D2, D2f, R, D1cum, D2cum, Dcum, Rcum
n	tamanho da população com certa classificação de dose	int
UF	sigla da Unidade Federativa	factor

Para as classificações na coluna dose, utiliza-se os seguintes códigos:

Dose	Descrição	Cálculo
D1	variação do No de individuos somente com D1	Soma de novas D1 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D1 para D2
D2	variação do No de individuos com D2+	Soma de indivíduos que passaram de D1 para D2 ou D
D2f	variação do No de individuos com D2+ sem registro de D1	Soma de registros de D2 sem registro de D1
R	variação do No de individuos com R*	Soma de registros de R*
D	variação do No de individuos com primeira dose com Janssen (D+)	soma de registros de primeira dose D (vacina da marca Janssen)
D1cum	total acumulado de individuos com somente D1 no tempo t	D1 - D2
D2cum	total acumulado de individuos com D2+ no tempo t e sem dose de reforço	D2 + D2f - R
Rcum	total acumulado de individuos com R no tempo t	R
Dcum	total acumulado de individuos com somente D+ no tempo t	D

• D2+: Indivíduos com ao menos a segunda dose (D2), podendo ter recebido outras doses posteriormente.
• D+: Indivíduos com primeira dose de Janssen (D), podendo ter recebido outras doses posteriormente.
• R*: Indivíduos com dose R na terceira posição, e D1 presente no registro.
    Indivíduos com dose R na segunda posição, e D1 ausente no registro.
    Indivíduos com dose D (Janssen) na terceira posição, D1 presente no registro, D2 não é Janssen.
    Indivíduos com dose D (Janssen) na segunda posição, D1 ausente no registro, D2 não é Janssen.

Observações:

• Esta classificação leva em consideração tanto a classificação de dose (ver tratamento de dados) a partir dos dados informados pelo SI-PNI, quanto a ordem da data de aplicação de cada dose para um mesmo registro (ID). No processamento, os dados de cada estado são avaliados separadamente. Desta forma, eventuais registros de indivíduos que tomaram alguma das doses em estados diferentes poderão ser considerados dois registros distintos.
• Quando a segunda dose aplicada (de acordo com a ordem) é "D", da marca Janssen, porém a primeira dose é de outra marca, considera-se que o indivíduo passa para D2
• Para o cálculo da cobertura de doses por estado por mês e semana epidemiológica (arquivos doses_cobertura_proporcao_mes.csv e doses_cobertura_proporcao_semana.csv), são filtrados os registros de indivíduos que receberam D2 no mesmo dia ou antes de D1.
• Os arquivos doses_por_estado.csv e doses_serie_temporal.csv são arquivos para contagem de doses, porém obsoletos.

doses_cobertura_proporcao_mes_ordem.csv

campo	descrição	tipo
month	primeiro dia do mês após a data de aplicação da dose	Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup	faixa etária (considerando a divisão ag_child)	int de 1 a 11
dose	dose de acordo com a ordem de aplicação (ler mais abaixo)	factor, levels: D1, D2, D3, D4, D5, D1cum, D2cum, D3cum, D4cum, D5cum
n	tamanho da população com certa classificação de dose	int
first_dose	vacina utilizada na primeira dose (se Janssen ou outra marca)	factor, levels: "Janssen", "Other"
UF	sigla da Unidade Federativa	factor

doses_cobertura_proporcao_semana_ordem.csv

campo	descrição	tipo
week	último dia da semana epidemiológica da data de aplicação da dose	Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup	faixa etária (considerando a divisão ag_child)	int de 1 a 11
dose	dose de acordo com a ordem de aplicação (ler mais abaixo)	factor, levels: D1, D2, D3, D4, D5, D1cum, D2cum, D3cum, D4cum, D5cum
n	tamanho da população com certa classificação de dose	int
first_dose	vacina utilizada na primeira dose (se Janssen ou outra marca)	factor, levels: "Janssen", "Other"
UF	sigla da Unidade Federativa	factor

Esta classificação das doses leva em consideração a ordem das datas de aplicações de doses em um mesmo registro, e ignora a classificação de doses de acordo com os dados fornecidos pelo SI-PNI.

Dose	Descrição	Cálculo
D1	variação do No de individuos com somente uma dose	Soma de novas D1 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D1 para D2
D2	variação do No de individuos com duas doses	Soma de novas D2 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D2 para D3
D3	variação do No de individuos com três doses	Soma de novas D3 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D3 para D4
D4	variação do No de individuos com quatro doses	Soma de novas D4 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D4 para D5
D5	variação do No de individuos com cinco doses	Soma de novas D5 registradas
D1cum	total acumulado de individuos com somente uma dose (D1) no tempo t	D1 - D2
D2cum	total acumulado de individuos com somente duas doses (D2) no tempo t	D2 - D3
D3cum	total acumulado de individuos com somente três doses (D3) no tempo t	D3 - D4
D4cum	total acumulado de individuos com somente quatro doses (D4) no tempo t	D4 - D5
D5cum	total acumulado de individuos com somente cinco doses (D5) no tempo t	D5

Tratamento dos dados

Para classificação dos tipos de doses a partir dos dados brutos do SI-PNI, utiliza-se o seguinte dicionário, na seguinte ordem:

Regex	Classificação	Exemplo
Reforço	R	"Dose Reforço", "1º Reforço"
1	D1	"1ª Dose", "1ª Dose Revacinação"
2	D2	"2ª Dose", "2ª Dose Revacinação"
3	3	"3ª Dose", "3ª Dose Revacinação"
4	4	"4ª Dose"
5	5	"5ª Dose"
^Dose$	D	"Dose"
Adicional	DA	"Dose Adicional"
Única	D	"Única"
Inicial	D	"Dose Inicial"
Outras combinações	NA	"Revacinação", "Tratamento com uma dose"

São automaticamente excluídos os seguintes casos:

• Registros com data de aplicação anterior a 17-jan-2021 e posterior à data de extração do banco
• Pacientes com data de nascimento anterior a 01-jan-1900
• Registros de indivíduos (ID) com mais de 5 doses
• Registros com mais de um mesmo tipo de dose por ID
• Registros de indivíduos (ID) com mais de uma dose na mesma data de aplicação