BOUAOUD Malik

Contenue Du dépôt :

├── Diapo
│   └── diapo.pdf
├── README.md
├── data
│   ├── MA0056.1.jaspar
│   ├── MA0057.1.jaspar
│   ├── MA0083.1.jaspar
│   ├── MA0114.1.jaspar
│   ├── MA0114.3.jaspar
│   ├── jaspar.txt
│   ├── sequence.fasta
│   └── sequence.gb
├── src
│   ├── putative_TFBS.py
│   ├── pwm.py
│   ├── scan_pwm.py
│   ├── tp2_1.py
│   ├── tp2_2.py
│   └── utils.py
└── testDir
    └── test.py

Lancer le programme :

REMARQUE IMPORTANTE

Les commandes suivantes se lance dans le repertoire src, si vous voullez lancer les test vous devez suivre les étapes décrites ci-dessous.

Ensuite plusieurs options s'offre à vous:

Lancer putative_TFBS avec FULL parametrage:

python3 putative_TFBS.py -m -t -l -w -s -p

Exemple :

python3 putative_TFBS.py "NM_007389" "NM_079420" "NM_001267550" "NM_002470" "NM_003279" "NM_005159" -m MA0056.1.jaspar -t -2 -l 1000 -w 100 -s -2 -p 0.1

Lancer putative_TFBS Not Full parametrage :

Exemple

python3 putative_TFBS.py "NM_007389" "NM_079420" "NM_001267550" "NM_002470" "NM_003279" "NM_005159" -m MA0056.1.jaspar -t -2 -l 1000 -s -2

Lancer scan_pwm

python3 scan_pwm.py MA0056.1.jaspar NM_007389 1000 -2

Lancer les Tests unitaires :

Se placer dans la racine

Lancer

export PYTHONPATH=.

Puis

python3 testDir/test.py