ct-segmentation

Segmentacija pluća sa CT snimaka

• Polaznik: Emilija Pavlović
• Saradnici: Diana Sekulić

Uvod

Cilj ovog domaćeg zadatka jeste da se upoznaju koncepti digitalne obrade slike u medicinskom imidžingu, specifično u kompjuterizovanoj tomografiji (CT). Potrebno je pročitati slike sa CT-a, izdvojiti oblast na slici gde se nalaze pluća a zatim i izračunati stvarnu površinu pluća u $mm^{2}$.

Medicinske slike osim samog zapisa slike sadrže još dodatnih podataka o uslovima pod kojima je subjekat slikan koji su nam potrebni pri obradi i ti podaci se zapisuju u hederu slike. Zbog ovoga, medicinske slike nisu zapisane u standardnom formatu (jpg, png, tif,…) već u nekim drugim formatima (DICOM, nifty,…).

Postupak razvoja

1. Potrebno je učitati slike sa CT-a. Kako smo već napomenuli, slike nisu u standardnom formatu (date slike specifično imaju ekstenziju .nii), te je za učitavanje potrebno istražiti biblioteku nibabel, učitati slike pomoću nje i prikazati ih.
2. Istražiti šta su CT brojevi, ograničiti ih u potrebnom opsegu i prikazati slike u 256 nijansi sive, a potom binarizovati sliku i prikazati taj rezultat.
3. Odlučiti se za neki algoritam za izdvajanje kontura i izdvojiti sve konture sa slike bez korišćenja bibliotečkih funkcija. Izdvojiti konturu pluća i obojiti regiju od interesa. Prikazati rezultat.
4. Iz hedera slike pročitati veličinu piksela i izračunati površinu izdvojene regije u $mm^{2}$.

Dodatne mogućnosti

• Na sličan način (sa istih slika) moguće je izdvojiti glavne krvne sudove koji prozimaju pluća i izračunati procenat koji oni zauzimaju u plućima.

Literatura

• Skup podataka sa slikama

Rezultat

Prikazati sliku izdvojene regije i izračunatu površinu pluća za svaku datu sliku.