data máxima de nowcasting deve ser anterior à data da base

[renatocoutinho]

Com nowcasting semanal, é possível ter dados da semana corrente já na base, mas é melhor só fazer nowcasting de semanas completos. Pra isso, precisa forçar max.date a ser menor que dataBase em gera.nowcasting() (ela precisa receber esse parâmetro).

[rafalopespx]

Fiz a seguinte solução, não subi, tá local ainda.

Eu criei um parâmetro chamado dateBase = NULL no chamamento da função, na hora de calcular a data max.date ele compara as duas data se o parametro for não nulo, veja o código a abaixo.

gera.nowcasting <- function(dados, # dados
                            caso = TRUE, # caso = FALSE faz obitos
                            tipo, # covid ou srag
                            hospitalizados = TRUE,
                            trim.now, # corte para nowcasting
                            window, # janela para nowcasting
                            trajectories = FALSE, # retorna trajetórias
                            obito_sin_pri = FALSE, # nowcasting obitos pela data de 
                            semanal = FALSE, # nowcasting semanal?
							dateBase = NULL) { # date of data-base extraction
    ## Variavel para fazer o switch entre nowcasting diario ou semanal
    now.units <- ifelse(semanal, "1 week", "1 day")
    if (trajectories)
        NobBS  <- NobBS.posterior
    ## 1. nowcasting de casos ###
    if (caso) {
        if (hospitalizados)
            dados <- dados %>% filter(hospital == 1)
        ## 1.1 casos covid ####
        if (tipo == "covid") {
            ##COVID##
            dados2 <- dados %>%
                filter(pcr_sars2 == 1 | classi_fin == 5) %>% #covid com nova classificacao
                select(dt_notific, dt_sin_pri, dt_pcr, dt_digita) %>%
                mutate(dt_pcr_dig = pmax(dt_pcr, dt_digita, dt_notific, na.rm = TRUE))
        }
        ## 1.2. casos srag ####
        if (tipo == "srag") {
            ## %PIP data de registro é data mais recente entre notificação e digitação, não deve incluir data pcr (dt_pcr)
            ## pq SRAG não precisa de teste para ser confirmado
            dados2 <- dados %>%
                select(dt_notific, dt_sin_pri, dt_digita) %>%
                mutate(dt_pcr_dig = pmax(dt_digita, dt_notific, na.rm = TRUE)) # nome aqui é pcr mas não tem pcr
        }
        if (semanal) {
            ## Finds the later date that is a Saturday (end of a epi week)
            last.date <- max(dados2$dt_sin_pri, na.rm = TRUE)
			if (!is.null(dateBase)){
			max.date <- last.date + (6-as.POSIXlt(last.date)$wday)
			max.date <- ifelse(max.date > dateBase, dateBase, max.date)
			} else {
	            max.date <- last.date + (6-as.POSIXlt(last.date)$wday)
			}
            if(as.POSIXlt(last.date)$wday >= 3) 0 else 7
            ## Convert dates to the date of the last onset day of each epiweek (epi weeks in Brazil start on Sundays)
            dados2 %<>%
                filter(dados2$dt_sin_pri <= max.date) %>%
                mutate(dt_notific = week2date(date2week(dt_notific), floor_day = TRUE, week_start = "Sunday") + 6,
                       dt_sin_pri = week2date(date2week(dt_sin_pri), floor_day = TRUE, week_start = "Sunday") + 6,
                       dt_digita = week2date(date2week(dt_digita), floor_day = TRUE, week_start = "Sunday") + 6,
                       dt_pcr_dig = week2date(date2week(dt_pcr_dig), floor_day = TRUE, week_start = "Sunday") + 6)

        }

        if (nrow(dados2) != 0) {
            dados.now <- NobBS(
                data = dados2,
                now = max(dados2$dt_sin_pri, na.rm = TRUE) - trim.now,
                onset_date = "dt_sin_pri",
                report_date = "dt_pcr_dig",
                units = now.units,
                moving_window = window)
        } else {
            dados.now <- NULL
        }
    } else {
    ## 2. nowcasting de obitos ####

        ## 2.1. obitos covid ####
        if (tipo == "covid") {
            ##obitos COVID ####
            ## Onset date = data do óbito
            if(!obito_sin_pri){
                dados2 <- dados %>%
                    filter(pcr_sars2 == 1 | classi_fin == 5) %>% # covid com nova classificacao
                    filter(evolucao == 2) %>%
                    filter(!is.na(dt_evoluca)) %>%
                    mutate(dt_encerra = pmax(dt_encerra, dt_digita, dt_evoluca,
                                             na.rm = TRUE)) %>%
                    select(dt_sin_pri, dt_evoluca, dt_notific, dt_encerra)
            }
            ## Onset date = data do óbito
            if (obito_sin_pri) {
                dados2 <- dados %>%
                    filter(pcr_sars2 == 1 | classi_fin == 5) %>% # covid com nova classificacao
                    filter(evolucao == 2) %>%
                    filter(!is.na(dt_sin_pri)) %>%
                    mutate(dt_encerra = pmax(dt_encerra, dt_digita, dt_evoluca,
                                             na.rm = TRUE)) %>%
                    select(dt_sin_pri, dt_evoluca, dt_notific, dt_encerra)
            }
        }
        ## 2.2. obitos srag ####
        if (tipo == "srag") {
            ## Onset date = data do óbito
            if (!obito_sin_pri) {
                dados2 <- dados %>%
                    filter(evolucao == 2) %>%
                    filter(!is.na(dt_evoluca)) %>%
                    mutate(dt_encerra = pmax(dt_encerra, dt_digita, dt_evoluca,
                                             na.rm = TRUE)) %>%
                    select(dt_sin_pri, dt_evoluca, dt_notific, dt_encerra)
            }
            ## Onset date = data do óbito
            if (obito_sin_pri) {
                dados2 <- dados %>%
                    filter(evolucao == 2) %>%
                    filter(!is.na(dt_sin_pri)) %>%
                    mutate(dt_encerra = pmax(dt_encerra, dt_digita, dt_evoluca,
                                             na.rm = TRUE)) %>%
                    select(dt_sin_pri, dt_evoluca, dt_notific, dt_encerra)
            }
        }
        if (semanal) {
            ## Finds the later date that is a Saturday (end of a epi week)
            last.date <- max(dados2$dt_sin_pri, na.rm = TRUE)
			if (!is.null(dateBase)){
			max.date <- last.date + (6-as.POSIXlt(last.date)$wday)
			max.date <- ifelse(max.date > dateBase, dateBase, max.date)
			} else {
	            max.date <- last.date + (6-as.POSIXlt(last.date)$wday)
			}
            if(as.POSIXlt(last.date)$wday >= 3) 0 else 7
            ## Convert dates to the date of the last onset day of each epiweek (epi weeks in Brazil start on Sundays)
            dados2 <- dados2[dados2[,onset] <= max.date,]
            dados2 %<>%
                mutate(dt_notific = week2date(date2week(dt_notific), floor_day = TRUE, week_start = "Sunday") + 6,
                       dt_evoluca = week2date(date2week(dt_evoluca), floor_day = TRUE, week_start = "Sunday") + 6,
                       dt_sin_pri = week2date(date2week(dt_sin_pri), floor_day = TRUE,  week_start = "Sunday") + 6,
                       dt_encerra = week2date(date2week(dt_encerra), floor_day = TRUE,  week_start = "Sunday") + 6)
        }

        if (nrow(dados2) != 0) {
            onset <- ifelse(obito_sin_pri, "dt_sin_pri", "dt_evoluca") ## PIP: define o onset date
            its.now <- max(dados2[,onset], na.rm = TRUE)
            dados.now <- NobBS(
                data = dados2,
                now = its.now - trim.now, ##PIP: nocwasting vai até última data de onset, que pdoe ser a do obito ou do sintoma primario (novo argumento obit_sin_pri)
                onset_date = onset,
                report_date = "dt_encerra",
                units = now.units,
                moving_window = window,
                specs = list(beta.priors = dbinom(0:40, size = 40, p = 15/50)))
        } else {
            dados.now <- NULL
        }
    }
    out <- list(now = dados.now, dados = dados2)
    return(out)
}

[rafalopespx]

não tem a função end.of.epiweek, nesse repo, ela ajudaria na hora de fazer a conta da semana não?

[renatocoutinho]

putz, difícil de ver código assim, não rola subir num branch pra poder fazer um diff? O repo nowcasting não tem end.of.epiweek, a conta é feita de outro jeito, mas se precisar copia ela lá, claro.