From 307a71eecd56696bd03673bbb9170aaca71ca8e7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: martin-raden Date: Fri, 1 Dec 2023 13:03:45 +0100 Subject: [PATCH] handson examples from publication --- doc/handson/ChiX_NC_000913.fasta | 4 + doc/handson/GcvB.ST.fasta | 3 + doc/handson/GcvB.fasta | 3 + doc/handson/NC_000913.fa | 8638 ++++++++++++++++++++++++++++++ doc/handson/OxyS.fasta | 3 + doc/handson/README.md | 366 ++ doc/handson/fhlA.fasta | 3 + doc/handson/ilvE.fasta | 4 + doc/handson/phoB.fasta | 4 + 9 files changed, 9028 insertions(+) create mode 100644 doc/handson/ChiX_NC_000913.fasta create mode 100644 doc/handson/GcvB.ST.fasta create mode 100644 doc/handson/GcvB.fasta create mode 100644 doc/handson/NC_000913.fa create mode 100644 doc/handson/OxyS.fasta create mode 100644 doc/handson/README.md create mode 100644 doc/handson/fhlA.fasta create mode 100644 doc/handson/ilvE.fasta create mode 100644 doc/handson/phoB.fasta diff --git a/doc/handson/ChiX_NC_000913.fasta b/doc/handson/ChiX_NC_000913.fasta 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+ATTACCTTCAGGCTACGCAAGGCTTTGGAGAATAAAGAGCTTGCAACCGGAAACGGATTTCTTTTCAGGTTTGTGATGCAAATTTTTCACTTCATCACATTCTTTCTGAAAAACACCAAAGAACCATTTACATTGCAGGGCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTA +>b2553 +AACTCAACTATTTGCGTAAGCTGCTGCAAATCACCAAAGGCAACGTCACCCACGCGGCGAGAATGGCGGGGCGCAACCGGACAGAATTTTATAAACTGCTTTCCCGACACGAGCTGGATGCAAACGATTTCAAGGAATGAATTGGCGTTATGTGTTACGTTTAGCAGATCAAAAGACAGGCGACCTTTTCAAGGAATAGCATGAAAAAGATTGATGCGATTATAAAACCCTTCAAGCTGGACGATGTCCGCGAAGCACTGGCCGAAGTCGGTATTACCGGCATGACGGTGACCGAAGTGA +>b2554 +GTCCAGCGACAGCGAGCTGGATACATTGCGCCAGCAACATCACGTTCTACAGCAGCAACTGGAACTCACCACCCGCAAGCTGGAAAACCTGACCGATATTGAACGCCAGCTCTCGACCCGCAAACCGGCTGGAAATTTCTCGCCGGATACGCCGCACGAGAGTGAAAAGCCCGCGCCATCCACCCATGAGGTCACTCCTGATGAGCCATAAACCTGCGCATTTATTATTGGTCGATGACGATCCGGGATTGCTGAAACTGCTTGGCCTGCGCCTGACCAGCGAAGGCTACAGTGTGGTCA +>b2555 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+AATGCTGGCACCGGCATCTTCCAGTTGACGCTGCAAGTCGTTATAGCGATGCACGACGAAAAAGATACTCAGCAATAAACCAATAAGGACGGTCGGTGCCAGGATCAGAATCATCATGCGTGCGCGCAGGCTGTAGTTGGTCATGGAGTTCCGTTATGGGACAATTAAGGTCACACTGTTAAATTGAGAAAGTCTCGCCAATGGCGCAATTCTACTCTGCAAAACGACGCACGACGACGCGTCAGATCATAACCGTTTCAGTCAACGACCTCGACTCTTTTGGTCAGGGCGTGGCGCGAC +>b2786 +TTCCTGCGGCAATAATCCGGGGATAAATAGCGTTTTGCCGTTATGTCGCGCCACGCCCTGACCAAAAGAGTCGAGGTCGTTGACTGAAACGGTTATGATCTGACGCGTCGTCGTGCGTCGTTTTGCAGAGTAGAATTGCGCCATTGGCGAGACTTTCTCAATTTAACAGTGTGACCTTAATTGTCCCATAACGGAACTCCATGACCAACTACAGCCTGCGCGCACGCATGATGATTCTGATCCTGGCACCGACCGTCCTTATTGGTTTATTGCTGAGTATCTTTTTCGTCGTGCATCGCT +>b2787 +AAAATTGCCGTTCCTGATGCGCCCGGTCTGGGCGTGGAACTGGACTGGGAACAGGTACAAAAGGCACATGAGGCCTATAAACGTCTGCCTGGCGGTGCGCGTAACGACGCAGGTCCGATGCAGTACCTGATCCCCGGCTGGACCTTTGACCGTAAACGTCCCGTTTTCGGCCGTCATTGATTCTGAAAAAGGACATAAATATGAGTTCTCAATTTACGACGCCTGTTGTTACTGAAATGCAGGTTATCCCGGTGGCGGGTCATGACAGTATGCTGATGAATCTGAGTGGTGCACACGCAC +>b2788 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+GCCCGCGCACAGGCAATGGTCCGCGTCGTACTGGCGCTCCGCGTAATCGTCGTCGTTCAGGTTAAATAAAAAATGTCATACTCAAAATCATTCAAACTGTATCAAGATGGCAAGAGAATGAATCCCGATGAGCTTACTGTAGTAAGTGATTCAGGTGAAAGAATGCAGCCAACACAGAGACAGATTGAAGGATGAAGAGTATGGGTTCCACCTCGTCGCTGTATGCAGCCATTGATCTCGGTTCGAATAGTTTTCATATGCTGGTTGTGCGCGAGGTGGCTGGAAGCATCCAGACGCTGA +>b3780 +TCGCCCCGTCCGCTTTGAGTACATCCGTGTCAAAACTGTCGTCAGTCAGGTGAATAATTTTATCGCTCATATATAACTCCACAGGAATAAGCCTGGCGTGTTGGTTTCGTTGTTGGTGTAACATTAACCAACTAAAGGTTGACTTTATTTCACCGGATACGCTTTCGTAAAGCAATAGTAAGCTGATATTCTACCACACTATGAGCAAAACACATTTAACAGAACAGAAGTTTTCCGACTTCGCCCTGCATCCGAAGGTTGTAGAAGCCCTTGAAAAAAAAGGGTTTCATAACTGTACGC +>b3781 +GGGCTTCTACAACCTTCGGATGCAGGGCGAAGTCGGAAAACTTCTGTTCTGTTAAATGTGTTTTGCTCATAGTGTGGTAGAATATCAGCTTACTATTGCTTTACGAAAGCGTATCCGGTGAAATAAAGTCAACCTTTAGTTGGTTAATGTTACACCAACAACGAAACCAACACGCCAGGCTTATTCCTGTGGAGTTATATATGAGCGATAAAATTATTCACCTGACTGACGACAGTTTTGACACGGATGTACTCAAAGCGGACGGGGCGATCCTCGTCGATTTCTGGGCAGAGTGGTGCG +>b3783 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+TCCTCACTGCCAAAGGGCTGTTCCGGTACACCGCTCTCGACGGCAACGGATGCAATATGGCAGGATCCTTCGCCGAAGATCTCGTGAAATGCCTGCAGAATGGCCTGAATTTTAGCGGGATTGGTGGTCGCACAGACAACTTGGTGCATAATCAGCATTACTCAGAAAATTAACGTTACAGCAGTATACGGAAAAAAAGCATGTTACAGGTATACCTAGTCCGCCACGGTGAAACGCAGTGGAACGCCGAGCGACGTATTCAGGGCCAGTCTGACAGCCCGCTGACCGCCAAAGGTGAGC +>b4396 +TTTTTATCTATTACACGAGCAATTAGTTCGTCACGGTAAATAACATATTGATTAAGAACAAAATCTCAATACTTTTATTTCCGTCAAGCCCTAAAACATACTCTACTAAGAAAAAAACACTGAATGCTAAAACAGCAAAAAATGCTATTATCCAATTACCTGATGTCAGGTGCTCGTTGTTGAAAGGATGAGGATATTTTATGGATCAGGCCGGCATTATTCGCGACCTTTTAATCTGGCTGGAAGGTCATCTGGATCAGCCCCTGTCGCTCGACAATGTAGCGGCGAAAGCAGGTTATT +>b4397 +CATCCTTTCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGA +>b4398 +ACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTG +>b4399 +AAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGTTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCAGCCTGGTTCGTACTGGCCATTTTTGTCAAAGAAGTTAAACCGGGCG +>b4400 +GTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAACGGCGAAGTCACGCTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGATTCGGCAGGTGATTGTCGAAC +>b4401 +TTTTGACACTGTCGGGTCCTGAGGGAAAGTACCCACGACCAAGCTAATGATGTTGTTGACGTTGATGGAAAGTGCATCAAGAACGCAATTACGTACTTTAGTCATGTTACGCCGATCATGTTAATTTGCAGCATGCATCAGGCAGGTCAGGGACTTTTGTACTTCCTGTTTCGATTTAGTTGGCAATTTAGGTAGCAAACATGCAGACCCCGCACATTCTTATCGTTGAAGACGAGTTGGTAACACGCAACACGTTGAAAAGTATTTTCGAAGCGGAAGGCTATGATGTTTTCGAAGCGA +>b4402 +ATCTGTCGCTTCGAAAACATCATAGCCTTCCGCTTCGAAAATACTTTTCAACGTGTTGCGTGTTACCAACTCGTCTTCAACGATAAGAATGTGCGGGGTCTGCATGTTTGCTACCTAAATTGCCAACTAAATCGAAACAGGAAGTACAAAAGTCCCTGACCTGCCTGATGCATGCTGCAAATTAACATGATCGGCGTAACATGACTAAAGTACGTAATTGCGTTCTTGATGCACTTTCCATCAACGTCAACAACATCATTAGCTTGGTCGTGGGTACTTTCCCTCAGGACCCGACAGTGT +>b4403 +ATTATCCTAAGTAAACAGAAGGATATGTAGCATTTTTTAACAACTCAACCGTTAGTACAGTCAGGAAATAGTTTAGCCTTTTTTAAGCTAAGTAAAGGGCTTTTTCTGCGACTTACGTTAAGAATTTGTAAATTCGCACCGCGTAATAAGTTGACAGTGATCACCCGGTTCGCGGTTATTTGATCAAGAAGAGTGGCAATATGCGTATAACGATTATTCTGGTCGCACCCGCCAGAGCAGAAAATATTGGGGCAGCGGCGCGGGCAATGAAAACGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTG diff --git a/doc/handson/OxyS.fasta b/doc/handson/OxyS.fasta new file mode 100644 index 0000000..cb10c0d --- /dev/null +++ b/doc/handson/OxyS.fasta @@ -0,0 +1,3 @@ +>OxyS|NC_000913|56..164|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 +GAAACGGAGCGGCACCUCUUUUAACCCUUGAAGUCACUGCCCGUUUCGAGAGUUUCUC +AACUCGAAUAACUAAAGCCAACGUGAACUUUUGCGGAUCUCCAGGAUCCG diff --git a/doc/handson/README.md b/doc/handson/README.md new file mode 100644 index 0000000..d41b080 --- /dev/null +++ b/doc/handson/README.md @@ -0,0 +1,366 @@ + +# Hands-on examples for the application of IntaRNA + +In the following, we list some examples how to use IntaRNA in specific application scenarios. +The examples are presented in detail in our publication + +- [How to do RNA-RNA interaction prediction? A use-case driven +handbook using IntaRNA](http://www.bioinf.uni-freiburg.de/Subpages/publications.html?de#Raden-IntaRNA-handson.abstract) + - Martin Raden and Milad Miladi + - Springer (in press, DOI to come) + + + + +## Example 2.1: Local Installation via `conda` (Linux System with `bash` Shell) + +First, we need to install `conda` (if not already available). +To that end, we assume you use a Linux-like system with a `bash` command line shell. +On Microsoft Windows, you can emply the Windows Subsystem for Linux (WSL) for that purpose. + +```sh +# download Miniconda installer +wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh +# note: ’-b’ runs the installer in non-interactive silent mode (agreeing to licence etc.) +# starting conda installation process +bash ~/miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda +``` + +Everytime when starting a new shell (and thus before running IntaRNA), we need to ensure `conda` is among the tools we can run, i.e. its tools are among the program search path. +You can simplify this, by adding the `export` line to your `.bashrc` script in your home directory. + +```sh +# add conda to your program search path +export PATH="$HOME/miniconda/bin:$PATH" +# installing IntaRNA via conda +conda install -c conda-forge -c bioconda "intarna>3" python=3.10 # python needed for viennarna package :/ +# checking installed IntaRNA version +IntaRNA --version +``` + +It might be that your `conda` environment comes with a preinstalled `python` version that exceeds the dependency specifications of the `viennarna` package, a central dependency of IntaRNA. +In that case, you need to specify a `python` version that meets the requirements within the `conda install` call. +For example at the time of writing (Dec 2023), I used for `conda` 23.10.0 to install IntaRNA 3.3.2 with `viennarna` 2.5.1 the following call. + +```sh +conda install -c conda-forge -c bioconda "intarna>3" python=3.10 # needed for viennarna 2.5.1 +``` + + +## Example 3.1: Standard Input and Output + +The bacterial sRNA OxyS of Echerichia coli is known to interact with the mRNA fhlA as shown by [Argaman and Altuvia (2000)](https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.3942). +From that publication, we extracted the sequences shown in Figure 7 provided here in the files [fhlA.fasta](fhlA.fasta) and [OxyS.fasta](OxyS.fasta). +We use `--tIdxPos0` to index the mRNA in relation to the position of its start codon. + +```sh +# minimal call with with explicit fhlA index information +IntaRNA -t fhlA.fasta -q OxyS.fasta --tIdxPos0=-53 +``` + +produces + +``` +fhlA|NC000913|-53..+60|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 + -15 +7 + | | +5'-AGU...GCUU A-- AA UG AUAC...GAC-3' + UCCUGGA C CAAAA UCAU + +++++++ | ||||| |||: + AGGACCU G GUUUU AGUG + 3'-GCCU CUA GC CA CAAC...AAG-5' + | | + 104 81 +OxyS|NC_000913|56..164|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 + +interaction energy = -5.59 kcal/mol +``` + +Therein, base pairs denoted with `+` are part of putative seed regions (typically most reliable) while `|` and `:` represent `AU,CG` and `GU` base pairs, respectively. + + + +## Example 3.2: Detailed Output of Exact Prediction + +To investigate the details of interactions, we suggest the `IntaRNAexact` personality. + +```sh +IntaRNAexact --intLenMax=60 -t fhlA.fasta --tIdxPos0=-53 -q OxyS.fasta --outMode=D +``` + +`--outMode=D` provides more details for the interaction: + +``` + +fhlA|NC000913|-53..+60|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 + -15 -9 + | | +5'-AGU...GCUU ACAA...GAC-3' + UCCUGGA + +++++++ + AGGACCU + 3'-GCCU CUAG...AAG-5' + | | + 104 98 +OxyS|NC_000913|56..164|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 + +interaction seq1 = -15..-9 +interaction seq2 = 98..104 + +interaction energy = -5.57 kcal/mol + = E(init) = 4.1 + + E(loops) = -15.6 + + E(dangleLeft) = -0.4 + + E(dangleRight) = -0.96 + + E(endLeft) = 0.5 + + E(endRight) = 0.5 + : E(hybrid) = -11.86 + + ED(seq1) = 0.62 + : Pu(seq1) = 0.36569 + + ED(seq2) = 5.67 + : Pu(seq2) = 0.000101064 + +seed seq1 = -15..-9 +seed seq2 = 98..104 +seed energy = -5.57 +seed ED1 = 0.62 +seed ED2 = 5.67 +seed Pu1 = 0.36569 +seed Pu2 = 0.000101064 +``` + +It is also useful to study suboptimal interactions using `-n`: + +```sh +IntaRNAexact --intLenMax=60 -t fhlA.fasta --tIdxPos0=-53 -q OxyS.fasta \ + -n 10 --outMode=C --outCsvSort=E --outCsvCols="E,Pu2,subseqDB,hybridDB" +``` + +Note: `\` at the line end will continue the command in the next line. +You can remove the `\` along with the line break if needed. + +``` +E;Pu2;subseqDB;hybridDB +-5.57;0.000101064;-15UCCUGGA&98UCCAGGA;-15|||||||&98||||||| +-5.54;5.61948e-07;-15UCCUGGAACAACAAAAUGUCAU&81GUGAACUUUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..|||||..||||&81||||..|||||..|...||||||| +-3.98;5.61948e-07;-15UCCUGGAACAACAAAAUGUCA&82UGAACUUUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..|||||..|||&82|||..|||||..|...||||||| +-3.87;5.52904e-07;-15UCCUGGAACAACAAAAUGUCAUAU&79ACGUGAACUUUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..|||||..||||.|&79|.||||..|||||..|...||||||| +-3.62;0.0167597;34CAAGGGU&24ACCCUUG;34|||||||&24||||||| +-3.42;6.6094e-07;-15UCCUGGAACAACAAAA&87UUUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..|||||&87|||||..|...||||||| +-3.22;5.99629e-07;-15UCCUGGAACAACAAAAUGUC&83GAACUUUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..|||||..||&83||..|||||..|...||||||| +-2.74;5.44005e-07;-15UCCUGGAACAACAAAAUGUCAUAUACAC&75GCCAACGUGAACUUUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..|||||..||||.....|&75|.....||||..|||||..|...||||||| +-2.72;6.71751e-07;-15UCCUGGAACAACAAA&88UUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..||||&88||||..|...||||||| +-2.7;6.6094e-07;-15UCCUGGAACAACAAAAUGU&85ACUUUUGCGGAUCUCCAGGA;-15|||||||.|..|||||.||&85|||||||..|...||||||| +``` + +The output reveals the second interaction site on rank 5 that was reported by [Argaman and Altuvia (2000)](https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.3942). + + +## Example 3.3: Corrected Prediction of 2nd RRI in Two-site Concurrent Model + +Given the first interaction site predicted in Example 3.2, we can predict an interaction model of two concurrently formed interaction sites using the following command. + +```sh +IntaRNAexact --intLenMax=60 -t fhlA.fasta --tIdxPos0=-53 -q OxyS.fasta \ + --tAccConstr="b:-15--9" --qAccConstr="b:98-104" --energyAdd="-5.57" +``` + +`--energyAdd` provides the interaction energy of the first site while the `--*AccConstr` accessibility constraints ensure that the regions involved in the first interaction are considered blocked for the prediction of the second interaction site. +Thus, IntaRNA predicts a concurrent second site (in accordance with literature) and reports the energy of the join interaction formation of both sites. + +``` +fhlA|NC000913|-53..+60|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 + +34 +40 + | | +5'-AGU...ACAA UGUU...GAC-3' + CAAGGGU + +++++++ + GUUCCCA +3'-GCC...UGAA AUUU...AAG-5' + | | + 30 24 +OxyS|NC_000913|56..164|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 + +interaction energy = -9.19 kcal/mol +``` + + +## Example 3.4: Anchored Prediction + +When specific base pairs of an interaction are known, e.g. from mutation experiments, this information can be provided to constrain the IntaRNA prediction. +Here we use the interaction of the bacterial sRNA GcvB with its mRNA target phoB. +Sequences [GcvB.fasta](GcvB.fasta) and [phoB.fasta](phoB.fasta) were taken from the NCBI reference genome NC_000913. + +```sh +IntaRNAexact -q GcvB.fasta -t phoB.fasta --tIdxPos0=-200 --intLenMax=60 -n 2 +``` + +When using an informed standard prediction mode, the following interactions are predicted. + +``` + +phoB|NC_000913|b1130|-200..+100|genom-subsequence + -56 -34 + | | +5'-GAG...CCCC C AUC CUAU...GCC-3' + CAUAAC ACAUA GCGUUACA + ||:||| |||:| ++++++++ + GUGUUG UGUGU UGUAGUGU +3'-UUU...GUUU U --- UGGC...UCA-5' + | | + 85 66 +GcvB|NC_000913 + +interaction energy = -9.44 kcal/mol + +phoB|NC_000913|b1130|-200..+100|genom-subsequence + -18 -11 + | | +5'-GAG...AUUA AGAA...GCC-3' + AGACAGGG + ++++++++ + UCUGUCCC +3'-UUU...CCUG AUUU...UCA-5' + | | + 159 152 +GcvB|NC_000913 + +interaction energy = -9.34 kcal/mol +``` + +Here the known interaction from [(Coornaer et al., 2013)](https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003156) is only second in rank. +Incorporating the experimental information from the publication using + +```sh +IntaRNAexact -q GcvB.fasta -t phoB.fasta --tIdxPos0=-200 --intLenMax=60 -n 2 \ + --seedTQ="-17|||||&154|||||" +``` + +provides variants of the validated interaction site. + +``` +phoB|NC_000913|b1130|-200..+100|genom-subsequence + -18 -11 + | | +5'-GAG...AUUA AGAA...GCC-3' + AGACAGGG + |+++++|| + UCUGUCCC +3'-UUU...CCUG AUUU...UCA-5' + | | + 159 152 +GcvB|NC_000913 + +interaction energy = -9.34 kcal/mol + +phoB|NC_000913|b1130|-200..+100|genom-subsequence + -17 -11 + | | +5'-GAG...UUAA AGAA...GCC-3' + GACAGGG + +++++|| + CUGUCCC +3'-UUU...CUGU AUUU...UCA-5' + | | + 158 152 +GcvB|NC_000913 + +interaction energy = -8.53 kcal/mol +``` + + + +## Example 3.5: Seed-region-constraint Prediction + +In case seed regions of RNAs, i.e. regions known to be involved in interactions, are known, their specification can provide a powerful tool to enhance the prediction quality. +For instance, GcvB is known to feature three regions R1, R2 and R3 that can be involved in regulatory interactions. + +Regions R1 and R2 correspond to the positions ranges 75-93 and 129-145 in the GcvB sequence of S. Typhimurium provided in [GcvB.ST.fasta](GcvB.ST.fasta). +When predicting interactions with its the regulatory region of its mRNA target ilvE provided in [ilvE.fasta](ilvE.fasta) using + +```sh +IntaRNAexact -q GcvB.ST.fasta -t ilvE.fasta --tIdxPos0=-200 --intLenMax=60 +``` + +the top-ranked interaction is heavily disrupting local intra-molecular structure elements. + +``` +ilvE|NC_003197|STM3903|-200..+100|genom-subsequence + -56 -32 + | | +5'-GGU...GAUC --- G C C AAAU...GGU-3' + UGC CA AGCG UGC ACAUCACAAC + ||| || |:|: ::| ++++++++++ + ACG GU UUGU GUG UGUAGUGUUG +3'-UUC...GUUA UUU G U U GCAU...UCA-5' + | | + 91 64 +GcvB|NC_003197 + +interaction energy = -8.32 kcal/mol +``` + + +When restricting seed prediction to the known regions R1 and R2, using + +```sh +IntaRNAexact -q GcvB.ST.fasta -t ilvE.fasta --tIdxPos0=-200 --intLenMax=60 \ + --seedQRange="75-93,129-145" +``` + +the correct and experimentally verified interaction is predicted. + +``` +ilvE|NC_003197|STM3903|-200..+100|genom-subsequence + -37 -30 + | | +5'-GGU...ACAU AUCC...GGU-3' + CACAACAA + ++++++++ + GUGUUGUU +3'-UUC...GUUU GUGU...UCA-5' + | | + 85 78 +GcvB|NC_003197 + +interaction energy = -6.38 kcal/mol +``` + + +## Example 3.6: Target Screen on Genomic Regions + +Using the regulatory regions around all start codons of mRNAs in Echerichia coli provided in [NC_000913.fa](NC_000913.fa), we can do target prediction for the sRNA ChiX given in [ChiX_NC_000913.fasta](ChiX_NC_000913.fasta). + +To prepare multiple target screens (not done here, but typically the case), we first generate and store the accessibility information of all putative targets. + +```sh +# Precomputation of target accessibility via dummy call (pseudo query + no output) +IntaRNA -t NC_000913.fa --out=tAcc:NC_000913.ed -q AAA -n 0 --out=/dev/null --noSeed +``` + +Afterwards, we can do a fast target scan using + +```sh +# Multi-threaded target screen using precomputed target accessibility data +IntaRNA -t NC_000913.fa -q ChiX_NC_000913.fasta \ + --intLenMax=60 \ + --outMode=C --outCsvCols="E,id1,start1,end1,id2,start2,end2" --outCsvSort=E \ + --tAcc=E --tAccFile=NC_000913.ed \ + --threads=0 \ + > NC_000913.ChiX.csv +``` + +and the resulting top-5 predictions are + +``` +E;id1;start1;end1;id2;start2;end2 +-66.23;b0481;20;78;ChiX_NC_000913;2;60 +-16.41;b0681;182;193;ChiX_NC_000913;45;56 +-15.45;b0619;164;175;ChiX_NC_000913;46;57 +-12.9;b0352;157;192;ChiX_NC_000913;45;84 +-12.51;b0847;224;253;ChiX_NC_000913;26;55 +``` + +Note, `b0481` is the gene encoding ChiX and thus highly complementary. +This shows that intra-molecular structure prediction and interaction prediction are quite related tasks. + \ No newline at end of file diff --git a/doc/handson/fhlA.fasta b/doc/handson/fhlA.fasta new file mode 100644 index 0000000..efd1184 --- /dev/null +++ b/doc/handson/fhlA.fasta @@ -0,0 +1,3 @@ +>fhlA|NC000913|-53..+60|doi:10.1006/jmbi.2000.3942:Fig7 +AGUUAGUCAAUGACCUUUUGCACCGCUUUGCGGUGCUUUCCUGGAACAACAAAAUGU +CAUAUACACCGAUGAGUGAUCUCGGACAACAAGGGUUGUUCGACAUCACUCGGAC diff --git a/doc/handson/ilvE.fasta b/doc/handson/ilvE.fasta new file mode 100644 index 0000000..c7e38d3 --- /dev/null +++ b/doc/handson/ilvE.fasta @@ -0,0 +1,4 @@ +>ilvE|NC_003197|STM3903|-200..+100|genom-subsequence +GGTTTTCAGGTGTGCTCCATGAATATGGAAGCCGCGACCGATGCGCAGAATATAAATATTGAATTGACCGTTGCCAGTCCCCGGTCGGTCGACTTACTGTTTAGTCAGTTAAGTAAACTG +GTAGATGTTGCGCATGTCGCGATCTGCCAGAGCGCTGCCACATCACAACAAATCCGCGCCTGAGCGCAAAAGGAAGAAAAATGACGACGAAAAAAGCTGATTATATTTGGTTCAATGGCG +AGATGGTGCGCTGGGAAGACGCGAAGGTTCACGTAATGTCTCACGCGCTGCACTACGGT diff --git a/doc/handson/phoB.fasta b/doc/handson/phoB.fasta new file mode 100644 index 0000000..9f0343c --- /dev/null +++ b/doc/handson/phoB.fasta @@ -0,0 +1,4 @@ +>phoB|NC_000913|b1130|-200..+100|genom-subsequence +GAGCTATCACGATGGTTGATGAGCTGAAATAAACCTCGTATCAGTGCCGGATGGCGATGCTGTCCGGCCTGCTTATTAAGATTATCCGCTTTTTATTTTTTCACTTTACCTCCCCTCCCC +GCTGGTTTATTTAATGTTTACCCCCATAACCACATAATCGCGTTACACTATTTTAATAATTAAGACAGGGAGAAATAAAAATGCGCGTACTGGTTGTTGAAGACAATGCGTTGTTACGTC +ACCACCTTAAAGTTCAGATTCAGGATGCTGGTCATCAGGTCGATGACGCAGAAGATGCC